Im Endeffekt ist es dann glaub ich am besten wenn du den kompletten "Locations"-Ordner einfach mal löschst und dann im Updater auf "Kommandos -> Neuinstallation" gehst. Das dauert leider dann etwas, aber du solltest wieder überall drauf kommen.
Dann geht der Updater halt hin und entpackt alle aktuellen Strecken aus dem Archiv wieder ins Spiel. Je nach Plattenkonfiguration halt mal schneller, mal langsamer